#NEXUS Begin trees; [Treefile saved Thu Apr 12 00:07:50 2012] [! >Data file = haplo-position.nex >Heuristic search settings: > Optimality criterion = parsimony > Character-status summary: > Of 331 total characters: > 6 characters are of type 'ord' (Wagner) > 325 characters are of type 'unord' > All characters have equal weight > 7 characters are parsimony-uninformative > Number of parsimony-informative characters = 324 > Gaps are treated as "missing" > Multistate taxa interpreted as uncertainty > Starting tree(s) obtained via stepwise addition > Addition sequence: random > Number of replicates = 50 > Starting seed = 1678663881 > Number of trees held at each step during stepwise addition = 1 > Branch-swapping algorithm: tree-bisection-reconnection (TBR) > Steepest descent option not in effect > Initial 'MaxTrees' setting = 500000 > Branches collapsed (creating polytomies) if maximum branch length is zero > 'MulTrees' option in effect > Keeping only trees compatible with constraint-tree "brachiosaurus" > Trees are unrooted > >Heuristic search completed > Total number of rearrangements tried = 8735587 > Score of best tree(s) found = 797 > Number of trees retained = 12 > Time used = 5.44 sec ] Translate 1 Prosauropoda, 2 Theropoda, 3 Vulcanodon, 4 Barapasaurus, 5 Omeisaurus, 6 Shunosaurus, 7 Patagosaurus, 8 Mamenchisaurus, 9 Apatosaurus, 10 Barosaurus, 11 B_altithorax, 12 B_brancai, 13 Camarasaurus, 14 Dicraeosaurus, 15 Diplodocus, 16 Haplocanthosaurus, 17 Amargasaurus, 18 Euhelopus, 19 Jobaria, 20 Malawisaurus, 21 Nigersaurus, 22 Limaysaurus, 23 Rebbachisaurus, 24 Alamosaurus, 25 Nemegtosaurus, 26 Opisthocoelicaudia, 27 Rapetosaurus, 28 Saltasaurus, 29 Isisaurus, 30 Losillasaurus, 31 Suuwassea ; tree PAUP_1 = [&U] (1:3,2:4,(3:5,(((((4:3,(7:0,30:13):6):7,(((((9:6,(10:4,15:3):12):19,((14:8,17:10):13,31:5):12):26,((21:0,23:0):4,22:3):20):52,((11:9,16:9):6,((12:17,(18:13,(20:9,((((24:10,(26:14,28:10):10):14,27:29):7,29:6):10,25:4):19):20):53):22,13:8):3):14):9,19:7):20):16,8:15):13,5:8):37,6:7):21):90); tree PAUP_2 = [&U] (1:3,2:4,(3:5,(((((4:3,(7:0,30:13):6):7,(((((9:6,(10:4,15:3):12):19,((14:8,17:10):13,31:5):12):26,((21:0,23:0):4,22:3):20):52,((11:9,16:9):6,((12:17,(18:13,(20:9,(((24:10,(26:14,28:10):10):14,27:29):17,(25:0,29:0):10):19):20):53):22,13:8):3):14):9,19:7):20):16,8:15):13,5:8):37,6:7):21):90); tree PAUP_3 = [&U] (1:3,2:4,(3:5,(((((4:3,(7:0,30:13):6):7,(((((9:6,(10:4,15:3):12):19,((14:8,17:10):13,31:5):12):26,((21:0,23:0):4,22:3):20):52,((11:9,16:9):6,((12:17,(18:13,(20:6,(((24:11,((26:14,28:10):5,29:9):8):18,27:24):10,25:4):21):22):53):22,13:8):3):14):9,19:7):20):16,8:15):13,5:8):37,6:7):21):90); tree PAUP_4 = [&U] (1:3,2:4,(3:5,(((((4:3,(7:0,30:13):6):7,(((((9:6,(10:4,15:3):12):19,((14:8,17:10):13,31:5):12):26,((21:0,23:0):4,22:3):20):52,((11:9,16:9):6,((12:17,(18:13,(20:9,((((24:10,(26:14,28:10):10):14,27:29):10,25:4):7,29:6):19):20):53):22,13:8):3):14):9,19:7):20):16,8:15):13,5:8):37,6:7):21):90); 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End;