#NEXUS Begin trees; [Treefile saved Thu Apr 12 00:07:41 2012] [! >Data file = haplo-position.nex >Heuristic search settings: > Optimality criterion = parsimony > Character-status summary: > Of 331 total characters: > 6 characters are of type 'ord' (Wagner) > 325 characters are of type 'unord' > All characters have equal weight > 7 characters are parsimony-uninformative > Number of parsimony-informative characters = 324 > Gaps are treated as "missing" > Multistate taxa interpreted as uncertainty > Starting tree(s) obtained via stepwise addition > Addition sequence: random > Number of replicates = 50 > Starting seed = 1728144988 > Number of trees held at each step during stepwise addition = 1 > Branch-swapping algorithm: tree-bisection-reconnection (TBR) > Steepest descent option not in effect > Initial 'MaxTrees' setting = 500000 > Branches collapsed (creating polytomies) if maximum branch length is zero > 'MulTrees' option in effect > Keeping only trees compatible with constraint-tree "barosaurus" > Trees are unrooted > >Heuristic search completed > Total number of rearrangements tried = 1480853 > Score of best tree(s) found = 815 > Number of trees retained = 36 > Time used = 0.98 sec ] Translate 1 Prosauropoda, 2 Theropoda, 3 Vulcanodon, 4 Barapasaurus, 5 Omeisaurus, 6 Shunosaurus, 7 Patagosaurus, 8 Mamenchisaurus, 9 Apatosaurus, 10 Barosaurus, 11 B_altithorax, 12 B_brancai, 13 Camarasaurus, 14 Dicraeosaurus, 15 Diplodocus, 16 Haplocanthosaurus, 17 Amargasaurus, 18 Euhelopus, 19 Jobaria, 20 Malawisaurus, 21 Nigersaurus, 22 Limaysaurus, 23 Rebbachisaurus, 24 Alamosaurus, 25 Nemegtosaurus, 26 Opisthocoelicaudia, 27 Rapetosaurus, 28 Saltasaurus, 29 Isisaurus, 30 Losillasaurus, 31 Suuwassea ; tree PAUP_1 = [&U] (1:3,2:4,(3:4,((4:2,((((5:10,8:20):1,30:11):11,((((((9:7,15:11):9,31:7):14,(14:7,17:11):18):25,(21:3,(22:2,23:0):2):21):8,(10:25,16:10):6):44,((((11:6,12:3):14,(18:13,(20:9,((((24:10,(26:14,28:10):10):14,27:29):10,25:4):7,29:6):19):20):53):24,13:6):9,19:12):13):29):8,7:3):7):36,6:12):20):89); tree PAUP_2 = [&U] (1:3,2:4,(3:4,((4:2,((((5:10,8:20):1,30:11):11,((((((9:7,15:11):9,31:7):14,(14:7,17:11):18):25,(21:3,(22:2,23:0):2):21):8,(10:25,16:10):6):44,((((11:6,12:3):14,(18:13,(20:6,(((24:11,((26:14,28:10):5,29:9):8):18,27:24):10,25:4):21):22):53):24,13:6):9,19:12):13):29):8,7:3):7):36,6:12):20):89); tree PAUP_3 = [&U] (1:3,2:4,(3:4,((4:2,((((5:10,8:20):1,30:11):11,((((((9:7,15:11):9,31:7):14,(14:7,17:11):18):25,(21:3,(22:2,23:0):2):21):8,(10:25,16:10):6):44,((((11:6,12:3):14,(18:13,(20:9,(((24:10,(26:14,28:10):10):14,27:29):17,(25:0,29:0):10):19):20):53):24,13:6):9,19:12):13):29):8,7:3):7):36,6:12):20):89); tree PAUP_4 = [&U] (1:3,2:4,(3:4,((4:2,((((5:10,8:20):1,30:11):11,((((((9:7,15:11):9,31:7):14,(14:7,17:11):18):25,(21:3,(22:2,23:0):2):21):8,(10:25,16:10):6):44,((((11:6,12:3):14,(18:13,(20:9,((((24:10,(26:14,28:10):10):14,27:29):7,29:6):10,25:4):19):20):53):24,13:6):9,19:12):13):29):8,7:3):7):36,6:12):20):89); 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End;